人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
故事发生在19世纪末。 AKUMA 是将悲叹悲剧的弱心召唤的灵魂困在魔法躯体中而产生的。它们会成为只会不断进行杀戮的致命武器，并通过制造更多的恐惧和悲剧而不断进化。 AKUMA 是由千年伯爵领导的“诺亚氏族”制造的，他们密谋毁灭世界。
“我在所有领域都没有才能！！”被烙下【无能】烙印的我，依靠【招架】成为最强！“毫无才能的少年”被如此称呼的离开养成所的男人：诺德。隐居起来的他，自那之后十多年每天都独自进行着防御技能【招架】的修行。然后在一天，自从将被灾害级魔物弥诺陶洛斯袭击的公主莉恩救下后，诺德命运的齿轮便开始向着意想不到的方向转动。尽管诺德只是个最低级的冒险者，却被提拔为莉恩的指导。然而诺德那不论是谁都不能不认同的空前绝后的能力，现在却只有诺德一人不知晓这一点。而种种可怖阴谋仍然接连向诺德与莉恩袭来！这位毫无自觉的最强人士终究能否拯救陷入危机的王国呢？！
在故乡村子过着和平生活的退休冒险者贝尔格里夫，某天在附近的森林捡到一名被遗弃的女婴，就将她当成自己的女儿取名「安洁琳」独自抚养长大。
日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
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在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。
