人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和 配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。
作为故事主人公的女孩（中原麻衣 配音），其担任调停官的重要工作之一就是负责回收妖精们的道具。虽然这些道具没有什么坏处，可是利用不当的话也会造成不小的麻烦。比如说那个粉红色的小勺，女孩无意中发现勺子能够从脑袋里舀出面粉。她分外高兴，一勺勺舀了好多，然而很快便发现自己变成了拇指般大小。爷爷无法听懂她的话，还当她是小妖精。万般无奈之下，女孩只能背起走出家门，去寻找小妖精帮她恢复原状。前方是漫长而凶险的旅途，奇妙精彩的冒险由此展开……
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
在这部来自太田垣康男的史诗生存科幻片中，人类和一种神秘的生命体在冰雪覆盖的星球上展开激战！
拉梅塔尔星球 (LaMetal) 开始了一场与地球的征服战争，唯一能够保护世界免受这场威胁的人是千禧女王 (Queen Millennia)，她是拉梅塔尔 (La-Metal) 的前公主，并将地球作为自己的家园。
