十八年前，林朗生（谭俊彦饰）、沈敬一（陈山聪饰）、谢家富（何远东饰）等七位屋邨少年，与小混混胡启思（林浩文饰）发生冲突，最终启思倒毙地上……七人互生隔阂，从此各散东西，不相往还。十八年过去，警方调查一宗交通意外期间，发现启思骸骨，七子无法再逃避昔日犯下的弥天大祸！矛盾挣扎之际，朗生与负责调查骸骨案的重案组督察阮丽瑾（黄智雯饰）萌生情愫，內心更为困惑。与此同时，丽瑾的父亲阮进（林嘉华饰）亦暗中追查事件，似跟骸骨有所关联。随着真相逐步浮现，七子人人自危，到底谁是真凶？
人心，是一门深奥的科学。人会犯罪作恶，皆因被贪婪、愤怒、软弱和嫉妒等情绪支配。为了逃避刑责，人会利用谎言掩饰真相，用诡计扰乱视线，令法证工作难上加难。未破的悬案、消失的证据、迷失的困局，都是法证团队面对的一个个难关。纵然过程中会受到打击，但他们都会坚持初心，跌倒之后重新出发，不会放弃追寻真相。《法证先锋V》的案件和布局更加让人意想不到，唯有靠着“法证部”、“法医科”及“重案组”这灭罪铁三角，秉承前四季的理念，通力合作，找出真凶，还生者公道，替死者雪冤。
为人正直、医术高超的精神科医生高立仁（方中信 饰），治疗患者很有一套自己的方法。他除了传统的诊断外，还会根据病人的心理，分析其病源。在专业内处理的得心应手的立仁，在感情方面则很笨拙。少年时期的不经事，立仁和其女友未婚先孕，孩子生下来后不久，立仁就和妻子离了婚。之后，立仁就一心扑在了工作上。还好周围有医生志森（蒋志光 饰）和护士应春（黄浩然 饰），这二位好友和知己陪伴，立仁的日子倒也不算寂寞。直到某次处理事情，和重案组的探员莫敏儿（徐子珊 饰）邂逅，让立仁再次感受到了恋爱的召唤，一来一往中，立仁和敏儿互生情愫。但敏儿却很困扰，她患有家族遗传病，在乐观的外表时，潜伏着厌世的消极心态。于是敏儿不得不回避自己的真实感受，拒绝了立仁……
有为青年潘文(邓浩光)受其祖父潘伯通(夏春秋)之传授，略懂风水术数之学，算出其弟并未夭折，尚在人间，原来正是猛烈追求他女友舜(伍咏薇)的浮夸子弟钱日希(江华)。希之养父钱祖祥(杨泽霖)在商场竞争中落败，希为了夺回所有，不择手段，打击舜父公司，同时骗得舜下嫁。过程中害死通，并导致生父霖(高雄)入狱。希对香港龙脉虎视眈眈，欲占据福地，攫取利益，文挺身而出，以其风水术数之学力图遏止希的野心，两兄弟互相对峙，冲突一浪接一浪。
2028年，在中华民国总统大选后，现任总统准备将总统职务移交给继任者。就职日临近之际的3、4月间，中国人民解放军以一艘运-8反潜机在台湾东南海域被击落以及需要搜索与救援为由（此事故被暗示为内部秘密破坏行动的一部分，属于假旗行动，该飞机唯一的幸存者由邻近的中华民国海军舰艇救起），对台湾实施海上屏蔽，进而发动解放军登岛屿作战。导致台湾对外航运完全中断、发生股灾和银行挤兑事件。美国与日本提高军事戒备，国军为应对解放军可能随之而来的军事行动而展开全民动员，以防范中华人民共和国武装部队可能的入侵。外国政府也开始从台湾撤侨。
全方位的军事行动随后展开，中国共产党和中华人民共和国政府利用同情其立场的社交媒体影响者散播虚假信息，企图削弱台湾民众的士气。中国大陆黑客破解台湾本地的广播媒体，发布影片要求台湾人向解放军投降，也透过AI生成的总统深伪影片，宣布对中华人民共和国开战。中国大陆渗透者与当地合作者大规模释放监狱囚犯，第五纵队和帮派成员组成的武装势力开始屏蔽道路。在这场混乱中，解放军海军陆战队特种部队在金门登陆。
