前海军驾驶员萝拉正好在太平洋附近找寻她因执行秘密任务而失踪的前男友，约翰上尉。但萝拉并不知悉约翰撞上了外星人的太空船，而启动了生化细菌，正逐步毁灭秘密探险队要去的小岛。恐怖而奇怪的事很快就发生了。这致命病毒似乎是由当地巨大无比的蜘蛛散播。当这支科学探险队正深入岛的另一端时，他们不知自己已渐渐成为巨型蜘蛛的牺牲品。当自己的性命都危在旦夕时，他们能拯救这个世界吗？
外星人入侵，打断了一场告别单身派对。两名儿时好友只好再度合体，变身当年的超猛雷射枪搭档，出手反击。
世界存亡危在旦夕，“信条”一词是唯一的线索与武器。主人公穿梭于全球各地，开展特工活动，力求揭示“信条”之谜，并完成一项超越了真实时间的神秘任务。这项任务并非时间之旅，而是【时空逆转】。
影片以世界末日事件发生后人们被迫陷入极度孤立的场景为背景。一对父子（莫耶饰）与世隔绝，他们已经与世隔绝 20 年，却遇到了一个外来人（西尔弗斯通饰），后者威胁要摧毁他们所建立的乌托邦。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
这部电影的灵感来自 90 年代的惊悚片，讲述了假肢科学家 Abi 和她的水性杨花的丈夫Paul适应城外的生活以及 Abi 在高科技公司 Integrate 的新工作，开发了一个人形人工智能 T.I.M.（Technologically. Integrated. Manservant）起初，T.I.M似乎是完美的助手，理解和满足他们的每一个需求，但与此同时，它越来越痴迷于Abi，直到它不惜一切代价取代Paul的位置，成为他的替补。
这部电影讲述了两个十几岁的兄弟穿越 20 年前去改变家族命运的神秘冒险故事。
