故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇的海啸，以及永远失去魔法的威胁，波妞仍然大胆而坚决地决定——要变成人类跟宗介在一起。而承诺要永远保护波妞的宗介，也即将面临新的挑战...
在这个经典童话的现代演绎中，一位任性的公主被邪恶的巫师偷走，她的博学未婚夫必须运用他的智慧，在一场史诗般的探索中寻找她，而她则大胆地挑战绑架者，策划一次大胆的逃跑。
某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？
来自地球的花仙魔法使者夏安安（醋醋 配音）跟随傲娇小王子库库鲁（冯骏骅 配音）肩负使命来到了世界海的尽头，传说中的花之国度——拉贝尔大陆，试图解除黑暗魔神侵袭的危机。不料与此同时，宿敌迷之王子塔巴斯（谢天添 配音）回到了邪恶女神的身边，抢走了夏安安辛苦集齐的所有花仙精灵 王，并把安安最要好的三位同学黑化成了暗黑魔女。曾经的美好都已化为邪恶，曾经的朋友成为敌人！灾难面前，似乎一切都毫无胜算！那么这场冒险之旅凶吉几何，地球家园又将由谁来拯救？古灵仙族、勇气古堡、风沙王国，一幕幕美丽画卷逐渐打开；西蒙（黑石稔 配音）爱德文（沈达威 配音）、曼陀罗王子（夏磊 配音），一系列知名角色悉数登场，正邪大战一触即发，纯粹之心能否经得住黑暗魔神的考验？花之国度的灾难能否就此终结？
该部电影是2009年以来的第二部“神奇女侠”动画电影，电影主要讲述神奇女侠神奇女侠要从致命犯罪的组织帮助一名深陷麻烦的女孩，而这个组织的目标是入侵神奇女侠的家乡天堂岛。 罗莎里奥·道森将继续为神奇女侠配音，本片将有银天鹅、豹女、毒药博士和巨化女等神奇女侠经典反派登场。
